Segnalo alcuni link utili per capire come .net carica gli assembly a runtime e come viene gestita la versione.

- Assembly Versioning
- How the Runtime Locates Assemblies

A chi vuole capire la differenza tra FileVersion e AssemblyVersion suggerisco questo: How to use Assembly Version and Assembly File Version

Spero che possa fare un po' di chiarezza sulle classiche domande che ci poniamo quando vediamo degli errori di caricamento dei nostri assembly.